本學院由本校技術學院時期的海洋學群及電資學群共同組成。在發展學校重點特色計畫下已有多年合作經驗,並對澎湖發展海洋資源產業建立良好夥伴關係。2005年8月1日,本校改名為科技大學,成立「海洋資源暨工程學院」。