民國80年

成立高雄海專澎湖分部，設水產養殖科、航運管理科。

民國81年

增設航運管理科二專夜間部。

民國82年

增設觀光事業科、水產養殖科二專夜間部，教學行政大樓正式啟用。

民國83年

增設資訊管理科、電訊工程科。

民國84年

正式獨立設校為國立澎湖海事管理專科學校。

民國87年

增設資訊工程科，實驗大樓完工啟用。

民國88年

觀光事業科廢止，設立休閒事業管理科、餐旅管理科、應用外語科。

民國89年

改制為國立澎湖技術學院，圖書資訊大樓完工使用。

民國91年

增設觀光學系、運輸與物流管理學系、電子工程學系及食品科學系。

民國92年

增設水產養殖學系、航運管理學系二技進修部、休閒事業管理科二專夜間部。

民國93年

增設海洋運動與管理學系、休閒事業管理學系及資訊管理學系四技進修部，水產養殖科、航運管理科、休閒事業管理科二專夜間部停招，體育館暨學生活動中心完工啟用。

民國94年

升格為國立澎湖科技大學，增設服務業經營管理研究所、水產養殖科二專夜間部，水產養殖學系二技進修部停招，電子工程學系改名為電機工程學系，運輸與物流管理學系改名為行銷與物流管理學系。

民國95年

觀光學系停招與休閒事業管理學系合併並改名為觀光休閒學系－休閒組、觀光組，海洋運動與管理學系改名為海洋運動與遊憩學系，增設海洋創意產業研究所，航運管理學系二技進修部停招。

民國96年

增設觀光休閒事業管理研究所，教學大樓完工啟用。

民國97年

增設電資研究所、服務業經營管理研究所在職專班、食品科學研究所。

民國98年

增設資管產學攜手四技專班，觀光休閒系原以觀光、休閒各一組招生，變更為觀光休閒系二班招生不分組。

民國100年

海洋創意產業研究所改名為水產資源與養殖研究所。

民國101年

增設觀光休閒事業管理研究所在職專班，海洋科技大樓完工啟用。

民國102年

資管產學攜手四技專班6月畢業，水產資源與養殖研究所與水產養殖系整併為水產養殖系水產資源與養殖碩士班，食品科學研究所與食品科學系整併為食品科學系碩士班。

民國103年

夜間部水產養殖科二專停招。

民國104年

夜間部水產養殖科6月二年級畢業，服務業經營管理研究所與行銷與物流管理系整併為行銷與物流管理系服務業經營管理碩士班，觀光休閒事業管理研究所與觀光休閒系整併為觀光休閒系碩士班，電資研究所與電機工程系整併為電機工程系電資碩士班。

民國105年

海洋運動與遊憩系更名海洋遊憩系。

民國107年

增設五專電機科。