本校行政單位組織圖

　　在行政單位，本校校長一人、副校長一人，下設人事室、秘書室、主計室、教務處、學務處、總務處、研究發展處、圖書資訊館以及進修推廣部。

• 教務處下設單位：註冊組、課務組及教學資源中心。
• 學務處下設單位：生活輔導組、體育運動組、課外活動指導組及身心健康中心。
• 總務處下設單位：文書組、事務組、出納組、營繕組、保管組及環安組。
• 研究發展處下設單位：企劃研究組、實習就業輔導組、國際事務組、島嶼產業科技創新育成中心及箱網養殖業技術研發中心。
• 圖書資訊館下設單位：圖書資源組、資訊服務組及藝文中心。

本校學術單位組織圖

　　在學術單位，設立海洋資源暨工程學院、觀光休閒學院及人文暨管理學院等3個學院。

• 海洋資源暨工程學院下設科系：水產養殖系(含水產資源與養殖碩士班)、食品科學系(含碩士班)、資訊工程系、電信工程系及電機工程系(含電資碩士班)。
• 觀光休閒學院下設科系：觀光休閒系(含碩士班)、餐旅管理系及海洋遊憩系。
• 人文暨管理學院下設科系：資訊管理系、行銷與物流管理系(含服務業經營管理碩士班)、航運管理系、應用外語系。
• 博雅教育學院下設：通識教育中心、基礎能力中心。

國立澎湖科技大學組織規程